A Baranya megye története az őskortól az Árpád-korig című állandó kiállítás számos különleges régészeti lelet mellett - többek között - egy teljes neolitikus sírt is bemutat.

A zengővárkonyi neolitikus temető feltárásakor előkerült festett edények és agyagszobrocskák mellett láthatók itt többek között mészbetétes kerámiák, bronzeszközök, az ásatáskor eredeti állapotában, "in situ" megőrzött sír, a halott mellé helyezett edényekkel és egy i. e. 1650 táján létezett telep családi házának makettje is.

A római kori edények, illatszeres üvegek, pénzek istenszobrok mellett itt állították ki a pécsi ókeresztény sírépítmények, a három- és hétkarélyos temetőkápolnák makettjeit is. A népvándorlás korát igen gazdag arany és ezüst ékszerek, korongos fibulák, kerámiák képviselik a kiállításon. Országos jelentőségű a Dunaszekcsőn talált Marcus Aurélius bronz szoborportré, valamint a pécs-üszögi hun aranylelet.

A honfoglaló magyarok hosszú vándorlásának útvonalát és a betelepülést térkép magyarázza. Kiemelkedő lelet e korból a tárolóban látható X-XI. századi díszes, csúcsos sisak, mely egyedülálló a magyarországi emlékanyagban. Mellette aranyozott ezüstvereteket, szablyát, kardot láthatunk, a honfoglaló magyarok, lovas harcainak eszközeit.

A múzeum kertjében a római kor kőemlékei, feliratos sírkövek, szarkofágok láthatók.