A hagyományok folytán Sopianae lakói, eltérően más római városoktól, a keresztény vallás gyakorlásának 313. évi engedélyezése után is a temetőben tartották a mindennapi istentiszteleteket, agapékat, pedig akkor már nem kellett bujkálniuk. A város területén ugyanis eddig még egyetlen keresztény közösségi épület maradványai sem kerültek elő. A temető tehát két részből állt, a föld alatt a sírokban és sírkamrákban a halottak nyugodtak, míg a felszíni épületeket az élők használták vallási célokra.

A ma is látható falak nem egy sírkamra és a fölé épített kápolna maradványai, hanem egy önálló templom, közösségi hely romjai. Építésekor elsődleges cél volt az élők, a vallási közösség, a presbiterek és a papok befogadása az istentiszteletek alkalmával. A padló alá és a templom köré ásott sírok már másodlagos létesítmények, a felekezet időközben elhaló tagjainak sírjai, akik haláluk után is egy csoportban, egy helyen kívántak nyugodni. A szentély közepén, az oltár alá temették a legfontosabb halottat, aki a sír méreteiből ítélve természetesen férfi lehetett, talán pont a gyülekezet papja, aki korábban itt vezette a liturgiát.

További, üveggel lefedett sírok láthatók a templom fala mellett, ahol egykor valóban eltemették ezeket a halottakat. Az egyik sírban egy anya és 3 gyermeke nyugszik, akik valószínűleg egyszerre haltak meg, talán egy járvány idején. A másik sírban egy csecsemő csontváza fekszik.

Néhány jel arra mutat, hogy a temetőben különböző egykori keresztény felekezetek tagjai egyszerre, de egymástól elkülönülve temetkeztek. Az itt látható épület körül több mint 100 sír volt. A halottak, közülük is főleg a nők mellé gazdag mellékleteket, ékszereket, pénzt, üveget helyeztek a sírba. E gazdagság ellenére is gyenge volt a csontozatuk, mintha valami külön vallási szabályt betartva egyes ételeket, melyek a csontok erősítésében fontos szerepet játszanak, nem ettek volna. A pécsi ókeresztény kápolnák szentélye, apszisa gyakran az északi oldalon van, és csak a középkorra áll be teljesen a templomok esetében a keleti irányítás. Az Apáca utcai templom átmenetet képez ilyen szempontból, hiszen apszisát északkelet felé építették. Az épület alatti korábbi sírkamra hiánya pedig szintén olyan elem, amiből arra következtethetünk, hogy egy elkülönülő keresztény szekta sírjairól van szó. A csoport tehát elkülönült szertartásaiban és temetkezéseiben, valamint étkezési szokásaiban egyaránt.